Main Article Content
Abstract
Biji kakao adalah salah satu komoditas utama di dunia yang hingga saat ini masih memiliki masalah penurunan produksi yang mayoritas disebabkan oleh serangan hama dan penyakit. Mengembangkan kultivar kakao yang secara genetik tahan terhadap serangan hama dan penyakit adalah salah satu solusi yang ideal dalam mengatasi permasalahan tersebut. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui gen-gen Theobroma cacao pada database genom kakao yang homolog dengan gen yang terlibat dalam sistem ketahanan terhadap hama dan penyakit pada tumbuhan lain melalui analisis in silico. Survei informasi dasar dan identifikasi gen yang terlibat dalam sistem ketahanan tumbuhan model Arabidopsis thaliana dan Oryza sativa dilakukan pada GenBank dan The Arabidopsis Information Resource. Analisa in silico yang dilakukan berupa BLAST urutan protein, uji homologi protein kandidat masing-masing gen, dan identifikasi gen homolog pada Cacao Genome Database menggunakan sumber data genom “Theobroma cacao cv. Matina 1-6 v1.1”. Berdasarkan hasil identifikasi, gen Thecc1EG006332t1 (PR-1), Thecc1EG024509t1 (PR-2), Thecc1EG024514t1 (PR-2), Thecc1EG026942t1 (CTL1), Thecc1EG021326t1 (CTL1), dan Thecc1EG033984t1 (PR-5) pada Cacao Genome Database (CGD) adalah gen Theobroma cacao yang homolog dengan gen yang terlibat dalam sistem ketahanan tumbuhan terhadap hama dan penyakit, serta kemungkinan besar memiliki fungsi yang sama dengan gen homolognya masing-masing.
Keywords
in silico
kakao
tumbuhan model
gen ketahanan
hama dan penyakit
homolog
BLAST
pohon filogenetik.
Article Details
Authors who publish with this journal agree to the following terms:
- Authors retain copyright and grant the journal right of first publication with the work simultaneously licensed under a Creative Commons Attribution License that allows others to share the work with an acknowledgement of the work's authorship and initial publication in this journal.
- Authors are able to enter into separate, additional contractual arrangements for the non-exclusive distribution of the journal's published version of the work (e.g., post it to an institutional repository or publish it in a book), with an acknowledgement of its initial publication in this journal.
- Authors are permitted and encouraged to post their work online (e.g., in institutional repositories or on their website) prior to and during the submission process, as it can lead to productive exchanges, as well as earlier and greater citation of published work (See The Effect of Open Access).